以下の内容をご確認ください。
サーバーについての仕様一覧マニュアルにある「ファイルやフォルダが削除できなくなった場合」をご覧ください。
FTPソフトの設定で「パッシブモード」の項目を On/Off に切り替えて、FTPソフトを再起動後、再度お試しください。