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public_html はドキュメントルートと呼ばれ、ホームページのデータ(HTMLファイルや画像データファイルなど)を置くためのディレクトリです。
インターネット上で公開したいデータは必ずこのフォルダ内にアップロードを行っていただく必要があります。

逆に、ホームページとして公開したくないファイルをアップロードしたい場合は public_html/ より上に置くことで通常よりセキュリティを確保できます。

はい、対応したFTPソフトをご利用いただければ、FTP通信をよりセキュアなものにする FTP over SSL をご利用いただけます。

詳しくは設定マニュアルをご覧ください。

はい、可能です。FTPアカウントの追加にて、アカウントを作成していただければ、特定のディレクトリのみへのアクセスを許可することができます。